AIGO.Similarity
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Similarity.py
 
AIGO is a python library for
the Analysis and Inter-comparison of Gene Ontology functional annotations.
see (http://code.google.com/p/aigo).
        
Created by Michael Defoin-Platel on 21/02/2010.
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but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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Functions
       
GOSet_PWSimilarity(G, GO1, GO2, metric='GS2', **kargs)
Calculates pairwise semantic similarity scores between two given annotation sets
GOSet_Similarity(G, GO, metric='GS2', **kargs)
Calculates pairwise semantic similarity scores between GO terms in a given annotation set
GO_Similarity(G, allGO, metric='GS2', **kargs)
Calculates pairwise semantic similarity scores in a list of annotation sets

 
Data
        logger = <AIGO.utils.Logger.Logger instance at 0xb7547bac>